Die Geschäftsleitung ist das operative Organ von Innosuisse. Sie leitet die Geschäftsstelle, führt die Geschäfte und überwacht das Budget der Innovationsförderagentur. Dem Gremium steht Annalise Eggimann als Direktorin vor.
Die Geschäftsstelle ist die Schaltzentrale von Innosuisse. In unseren Büros an der Einsteinstrasse 2 sind rund 100 Personen tätig, die das Fördergeschäft gemäss den Vorgaben des Verwaltungsrates und der Entscheide des Innovationsrates umsetzen. Alle Fäden laufen bei der Geschäftsleitung zusammen; sie lenkt die operative Fördertätigkeit.
Der Auftrag, die Organisation und die Instrumente von Innosuisse sind im Gesetz verankert. Es bildet die Grundlage unseres Handelns. Aus den Gesetzen abgeleitet sind verschiedene Verordnungen und Reglemente, welche die Fördertätigkeit im Detail regeln.